حضرت آیت الله مجتهد شبستری، در دوران انقلاب با “شهید مرتضی مطهری”، “شهید بهشتی” و “شهید محمد مفتح” در ارتباط بود که زمینه تشکیل جامعه روحانیت مبارز در تهران را فراهم کردند.
ایشان نگارش متن اعلامیههای روشنگرانه جامعه روحانیت مبارز پس از کسب رهنمودهای لازم از امام(ره) و مشورت با اعضای جامعه را بر عهده داشت و در منطقه ۶ تهران رهبری تظاهرات و فعالیتهای سیاسی و سخنرانی علیه رزیم پهلوی از فعالیتهای دیگر او بود. وی بارها در دوران مبارزاتش مورد تعقیب ساواک قرار گرفت و بازداشت شد.
در یک بازداشت دستهجمعی در یکی از شبهای ماه مبارک رمضان سال ۱۳۵۶، ۲۱ نفر از علمای تهران پس از حادثه اصفهان دستگیر شدند و حضرت آیت الله مجتهد شبستری نیز جزء بازداشت شدهها بود. ماجرا از این قرار بود که جلسهای در منزل یکی از علمای تهران در منطقه “تهران ویلا” تشکیل یافت، این جلسه تا نزدیک سحر به طول انجامید. پس از پایان جلسه ناگهان منزل در محاصره پلیس قرار گرفت و هنگام خروج از جلسه همه را دستگیر کردند.
وی در آن جلسه یادداشتهایی نوشته بود و قرار بود فردا شب در حضور “آیت الله امامی کاشانی” آن را به صورت اعلامیهای درآورده و پس از امضای اعضای روحانیت مبارز تهران (که گاهی تعداد امضا کنندگان به ۶۰ نفر میرسید) طبع و منتشر شود ولی آن یادداشتها را موقع تفتیش از جیب وی درآوردند و پیشبینی میشد که جرم او سنگینتر از جرم دیگران باشد، ولی سرانجام پس از ۱۸ ساعت بازداشت، همگی آزاد شدند؛ زیرا دستگیری بیش از ۲۰ تن از ائمّه جماعاتِ معروف تهران آن هم در ماه مبارک رمضان، بازتاب بدی داشت و این موضوع برای رژیم سنگین تمام میشد. ازاینرو، ناچار شدند همه را آزاد کنند.